於1949年, 香港法醫病理學服務先驅彭定祥醫生(Dr PANG Teng-cheung）在警察總部建立了法醫實驗室, 並且被任命為香港第一位警察外科醫生。在1956年他的職稱被改為法醫病理學家。他於1957年晉升為高級法醫病理學家, 而於1961年正式地被任命為專家（法醫病理學）。法醫科在成立之初, 主要負責進行驗屍和司法解剖。 隨後法醫科的工作範圍逐漸拓展, 法醫可能會就一些嚴重罪案對受害者和犯罪嫌疑人作臨床檢查和犯罪現場調查。1970年, 政府化驗所科學鑑證部逐漸接管醫學領域以外的法證工作。1981年, 法醫科接管了當時醫療和衛生部轄下的兩所公眾殮房（即位於九龍紅磡的九龍公眾殮房和香港島堅尼地城的維多利亞公眾殮房）的管理和運營。而第三所公眾殮房(即位於沙田的富山公眾殮房)則於1989年落成及運營。至此, 香港島、九龍及新界各有一所公眾殮房為市民服務。2005年9月, 葵涌公眾殮房替代九龍公眾殮房服務市民。 而九龍公眾殮房則停止日常運營, 並保留作應急用途。為滿足日益增長的服務需求並提高衛生標準, 2018年法醫科獲批准就富山公眾殮房作重新設計, 並且於鄰近地點重置, 經過重新設計的新富山公眾殮房位於新界（沙田）法醫學大樓, 並在2022年12月開始運營。
2019年10月1日法醫科改稱法醫服務。目前, 法醫服務管理和運營著三所公眾殮房 。 它們是專門的法醫病理學設施, 用於對根據《死因裁判官條例》（第504章）進行法醫病理學調查。 公眾殮房的核心職能包括全天候接收「可報告給死因裁判官的死亡」的死者屍體和進行必要的死因裁判官程序, 涵蓋對親屬的晤談, 對屍體外部檢查, 確認屍體身份, 進行屍體解剖, 以及協助親屬領回遺體。就2022年而言, 這三所公眾殮房進行了13,728例屍體外部檢查, 2,430例屍體解剖和33,378例組織學檢查。2011年, 法醫服務的三所公眾殮房獲得了有關運營質量管理的ISO 9001認證。
此外, 法醫服務還設有三處法醫病理學家辦公室, 這些辦公室位於警察場所內, 並配備了臨床法醫檢查套件, 每年對受害者和犯罪嫌疑人（例如性犯罪）進行數百次臨床法醫檢查。本服務還為「免遣返聲請」的聲請者進行身體檢查, 協助香港入境事務處審核免遣返聲請。香港法醫服務還包括向政府部門提供有關法醫事務的專家意見, 包括死亡報告和針對警察案件的投訴, 勘驗可疑死亡現場以及在法院提供專家證詞。
一般大眾對法醫的慣常印象是他們依靠敏銳的觀察和專業的解剖技巧來找出死亡原因以達至還原事件真相。但實際上, 他還利用其他病理學專業知識在不同領域進行深入的死亡調查。例如, 組織病理學通常用於尋找肉眼看不見的疾病過程或進一步確認肉眼檢查的病理性質, 而法醫毒理學和微生物學可用於鑑定可能導致或導致死亡的中毒和傳染病。免疫學在包括過敏反應在內的嚴重過敏反應的診斷中也發揮了重要作用。
遺傳和基因組病理學的進步也以“分子解剖”的形式在法醫領域中得到應用。 例如, 患有先天性心律不齊的猝死者, 一般解剖和檢測結果基本上俱為陰性。 而像布魯加達綜合症, 長QT綜合症和兒茶酚胺能多態性心室性心動過速（CPVT）這類先天性心律不齊都可以通過分子遺傳分析在驗屍DNA中找出相關基因組。
在21世紀的法醫學, 法醫病理學家越來越多地使用放射學來補充甚至替代常規剖驗。衞生署在重置富山公眾殮房後, 為新殮房添置了電腦掃描（Computed Tomography, CT）系統。該系統容許在屍體解剖之前對身體內部進行初步觀察,為法醫提供線索, 使其在解剖身體之前已經清楚應該將注意力集中在何處。在某些情況下, 甚至可以通過識別導致死亡的病理而不用剖開身體, 減輕因個人或宗教原因而反對屍體解剖的家庭成員的痛苦。
法醫病理學家在處理包括自然和人為災難以及流行病在內的大規模死亡事件中起著關鍵作用。法醫除了確定受害者的死亡原因外, 還為確定死者的身份,還原事件真相以及確保適當儲存和處置屍體做出了重要貢獻。在1996年的嘉利大廈五級大火中, 本服務的法醫迅速完成了所有41名遇難者的解剖, 並聯同警察和法醫齒科醫生, 成功地確認了所有遇難者的身份。
在2010年馬尼拉人質事件之中, 有25名香港遊客在馬尼拉的聖地牙哥堡被一名持槍匪徒登上旅遊巴士, 並強行扣為人質。 事件持續近10小時後，匪徒與特種武器和戰術部隊爆發槍戰，事件最終引致8名香港遊客死亡。事後, 香港衞生署法醫服務一名法醫被委派遠赴馬尼拉觀察香港遇難者的解剖工作並記錄調查結果。在遇難者遺體被送回香港之後, 法醫們為屍體再次進行詳細的解剖, 以重組子彈的彈道軌跡, 取出屍體內的子彈碎片, 並記錄其他如玻璃碎片造成的傷害。科學鑑證專家和警察槍支專家進行的重建和模擬, 與解剖結果進行了比對, 有力地確定了所有死者體內的子彈碎片, 都是發射自匪徒所持有的槍支。
在2022年初的第五波2019冠狀病毒病(COVID-19 disease)大流行中, 由於公立醫院急診室去世的患者人數突然激增, 急需公共殮房處理, 直接引致公眾殮房系統不勝負荷。為應付緊急情況, 法醫服務在沙田富山公眾殮房附近建立了一個新的屍體貯存設施。同時, 本服務聯同香港警務處以及食物環境衞生署, 進行了一項特別行動, 在大約2週內將1800多個死者遺體從各公立醫院的急診室移送至新增加的貯存設施。最後, 於2022年3月上旬, 在各部門的通力合作下將大約2700多個死者遺體移送至屍體貯存設施, 並存放在約60個大型冷凍貨櫃中。由於所有從急診室轉移的案件都屬於「須予報告的死亡個案」的案件, 因此必須在既有司法程序底下進行徹底的死亡調查, 包括身份識別和親屬晤談, 工作量非常浩大。有見及此, 本服務聯同香港警務處和死因裁判法庭共同制定特定措施, 以便利家屬辨認親人遺體和加快家屬對遺體的死後安排。在警察和死因裁判法庭的支持下, 本服務在2022年3月底至2022年4月上旬的兩週內完成了1800多名死者的屍體識別並向死因裁判法庭呈交個案, 使到各家屬都可以盡快為屍體進行葬禮安排。